Biologische zuivering en natuurlijke filtratie kan bijvoorbeeld met een helofytenfilter. Een helofytenfilter is een filter, dat met behulp van helofyten afvalwater zuivert tot een kwaliteit die onschadelijk is voor het milieu. Sommige micro-organismen zijn nuttig en kunnen gevaarlijke verontreinigingen omzetten in onschadelijke stoffen. Dit proces is tijdrovend en wordt alleen toegepast bij water dat verontreinigd is met stoffen die alleen door micro-organismen c.q. aërobe en/of anaërobe bacteriën omgezet kunnen worden. Stoffen en verontreinigingen, die niet afgebroken kunnen worden, moeten via chemische of technische scheiding (coagulatie, flocculatie en sedimentatie) uit het water worden gehaald.